Prueba con esto:
Código:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use CGI;
my $cgi = new CGI;
my $input_data = $cgi->Vars;
my $nombre=$input_data->{usuario};
print "Content-type: text/html\n\n";
print "Hola mundo.\n";
print "Hola $nombre\n" if $nombre;
exit;
Los cambios son: cambiar el % por $ en la variable input_data, ya que Vars nos devuelve un puntero a un hash, no un hash.