Esto no suele ser debido a que el antivirus no desinfecte bien, sino más bien a que el virus ha destruido (sobrescribiendo) datos vitales cuya recuperación no es posible. No queda más remedio que hacer una instalación nueva de Windows.

Una vez que hemos identificado el nombre del virus, es conveniente que busquemos información sobre el virus en una enciclopedia. Entre las más completas se encuentran las de Norton y Panda Software. Nos debemos fijar en los elementos que infecta: sector de arranque, programas o documentos.

Si únicamente infecta programas, podemos continuar con la instalación de Windows puesto que todos los programas anteriores serán eliminados e instalados de nuevo. Si el virus infecta documentos (por ejemplo, archivos de Word) trataremos de desinfectarlos con una herramienta antivirus y nos aseguraremos de que la desinfección ha sido correcta. Entonces, podemos seguir adelante con la instalación de Windows.

Por último, si el virus ha podido infectar el sector de arranque, evitaremos riesgos si lo reconstruimos de nuevo. Arrancaremos el PC con un disquete de inicio protegido contra escritura (tiene que encontrarse libre de virus y haberse creado antes de la infección) que contenga los comandos FDISK y SYS. Ejecutaremos la orden FDISK /MBR para reconstruir el Master Boot Record del disco duro. Esto eliminará cualquier virus que se encontrase en el MBR del primer disco duro, pero también eliminará si existiese el gestor de arranque LILO u otro gestor de arranque que se ubique en esta posición del disco. A continuación ejecutamos SYS A: C: para restaurar el sector de arranque de la partición primaria activa. Nótese que esto eliminará si existiese el gestor de arranque de Windows NT o 2000, o el de algún otro fabricante que se instale en el sector de arranque de la partición activa. Puede ampliar información sobre particiones y gestores de arranque en mi artículo Discos duros y particiones.